Se utiliza para identificar objetivos de PCR altamente informativos a partir de la base en crecimiento de secuencias genómicas bacterianas disponibles públicamente. Este algoritmo informático utiliza secuencias de genoma existentes para aislamientos de una especie de interés e identifica un conjunto de genes cuyos patrones de presencia o ausencia proporcionan la mejor discriminación entre cepas en esta especie.
A continuación, se diseña un conjunto de cebadores de PCR dirigidos a los genes identificados, con cada producto de PCR de un tamaño diferente para permitir la multiplexación. Estas regiones de ADN diana y cebadores de PCR pueden utilizarse para ” aislar ” bacterias aisladas .
Con las crecientes tasas de resistencia a los antibióticos, las infecciones bacterianas se han vuelto más difíciles de tratar, lo que aumenta la importancia de la vigilancia y la prevención. La vigilancia efectiva se basa en la disponibilidad de métodos de tipado rápidos, rentables e informativos para monitorear aislamientos bacterianos. Los ensayos de tipificación basados en PCR son rápidos y de bajo costo, pero su utilidad está limitada por la falta de objetivos que sean capaces de distinguir entre cepas dentro de una especie.
