Cómo encontrar nuevos biomarcadores para el cáncer de mama triple negativo

Hay muchas fuentes de información sobre biomarcadores. Creo que se sorprenderá de la cantidad de biomarcadores inesperados que puede encontrar de fuentes conocidas fuera de los repositorios de datos de vías y genética.

Cada uno tiene una fortaleza en un área particular. En cuál te centres depende de la pregunta que estás tratando de responder. Las fuentes tienen cierta validez clínica. Esto es bueno porque eso significa que alguien más ya ha identificado una correlación entre el marcador y la indicación, en este caso cáncer de mama triple negativo.

Aquí está la lista y explicaré los pros y los contras para identificar biomarcadores.

Documentos de investigación académica (p. Ej. PubMed – NCBI)

Patentes (por ejemplo, Oficina de Patentes y Marcas de los Estados Unidos, EPO – Hogar, etc.)

Actividad de ensayos clínicos (por ejemplo, ClinicalTrials.gov, Registro de ensayos clínicos de la UE, etc.)

Pruebas (Prueba de pruebas de la FDA, menús de pruebas de laboratorio, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/, etc.)

Medicamentos aprobados (p. Ej., Tabla de biomarcadores farmacogenómicos en el etiquetado de fármacos)

Pros y contras

Trabajos de investigación académica

  • Pros
    • Fuente de biomarcadores emergentes
    • Completo y preclínico
  • Contras
    • Difícil determinar qué tiene potencial clínico real
    • Convenciones de nomenclatura incoherentes hacen que sea fácil perder cosas

Patentes

  • Pros
    • Indicador principal de potencial comercial (especialmente en solicitudes de patentes)
    • Biomarcadores que no están en la investigación académica
    • Ayuda para determinar la libertad de operar (FTO)
  • Contras
    • Más de un indicador comercial luego puro académico

Actividad de ensayo clínico

  • Pros
    • Alta confianza en los biomarcadores dentro de una indicación
    • Bien documentado y con capacidad de búsqueda
    • Identificar marcadores descubiertos por compañías farmacéuticas bien financiadas
  • Contras
    • Al igual que las patentes, no es necesariamente un indicador de biomarcadores en la investigación

Pruebas

  • Pros
    • Último uso clínico de biomarcadores
    • Fuente muy amplia
    • Los paneles indican co-ocurrencias de biomarcadores
  • Contras
    • Difícil de encontrar porque las fuentes son muy dispares (pruebas de laboratorio, pruebas con la marca CE)
    • La calidad de la prueba incierta requiere más investigación de cualquier biomarcador identificado a través de la información de la prueba

Drogas aprobadas

  • Pros
    • Búsqueda fácil
    • Biomarcadores validados
  • Contras
    • Por lo general, biomarcadores bien conocidos, nada novedoso

Espero que esto sea útil.

Creamos Amplion para facilitar este tipo de investigación.

Según mi conocimiento, sus sugerencias parecen abarcar los recursos clave, salvo quizás para las bases de datos del genoma del cáncer en busca de secuencias de ADN con una alta asociación con TNBC. Las tecnologías de secuenciación Next Gen hacen que el cribado del plasma para SNP específicos y otras mutaciones sea una detección plausible (quizás muchos años) antes de que un tumor sea detectable por cualquier otro medio. Aparte de eso, nada más viene a la mente. Si se me ocurre algo más, editaré esta publicación por ti …

¿Podemos detectar el cáncer antes?

…Y yo tengo. El siguiente artículo es sobre una tecnología emergente “Drop-seq”. Mientras miraba el segundo video de este artículo, pensé que esta podría ser otra forma de identificar marcadores previamente desconocidos:

Más allá del promedio | HMS

Buena suerte, Matt.

De acuerdo con mis pobres conocimientos sobre el tema, haré pocas sugerencias, tal vez obvias, basadas en la literatura que estoy leyendo para mi disertación.

Además de usar las bases de datos (como sugieren las respuestas anteriores), tal vez pueda buscar los diagramas de Kaplan y Mayer , estos diagramas trazan la expresión (por encima o por debajo) de un determinado gen frente a la tasa de supervivencia. Entonces, este diagrama muestra cómo se ve afectada la tasa de supervivencia si este o aquel gen está sobreexpresado o regulado negativamente. De modo que puede buscar en la literatura los genes que se sospecha que están críticamente involucrados en su enfermedad de interés y luego ver si hay un diagrama de Kaplan y Mayer al respecto.

En cambio, mediante un enfoque directo, puede intentar realizar un RNA-seq. Muchos artículos que encontré durante mis estudios informaron el uso de RNA-seq para evaluar cómo cambia todo el trascriptoma cuando ocurre un cáncer específico. Para que pueda ver si hay algunos genes que están regulados más arriba o más abajo que las condiciones normales. Y luego escoja estos genes y trate de ver si alguien los ha investigado o si ya han sido reportados en algunas bases de datos o trazados en diagramas como Kaplan y Mayer.