¿El uso de hisopos de algodón en los oídos puede causar dolores de cabeza?

Sí.

Los dolores de oído son un síntoma frecuente de:
Impacto de la cera del oído

Y ha habido casos de obstrucción del tubo de Eustaquio:
Mi oreja ordenó !!!

¿El uso de hisopos de algodón en los oídos puede causar dolores de cabeza?

Usar hisopos de algodón en los oídos puede causar dolores de oído , pero no dolores de cabeza , a menos que ocurra algo catastrófico.