Todo depende del propósito.
Si le interesa simplemente ver si hay bacterias presentes en una muestra o contar el número de bacterias, puede usar un microscopio compuesto. Para esto, es posible que también necesite teñir las bacterias (oa veces el fondo) para mejorar el contraste entre el fluido circundante y la celda propiamente dicha.
Para estudiar los detalles estructurales más finos de la bacteria, como la ultraestructura de los flagelos, nucleoides, etc., necesitará un microscopio electrónico.