Muy brevemente, en función de la generación de energía por mecanismos y crecimiento, las bacterias se agrupan como: aerófilas o aeróbicas (necesitan oxígeno), microaerófilas (necesitan cantidades mínimas de oxígeno), facultativas anaeróbicas (pueden crecer tanto en condiciones aeróbicas como anaeróbicas) y obligan a anaeróbicos (no puede funcionar en presencia de oxígeno). Desafortunadamente, esta no es una forma muy precisa de agrupar los microbios, por lo que hay algunos cruces para los microbios individuales. más En realidad, una forma más precisa de determinar a qué grupo específico pertenece una especie se basa en un parámetro físico relacionado con el crecimiento: Potencial de reducción de la oxidación. La bacteria obligada necesita muy poco O potencial para funcionar.
Algunos ejemplos de especies bacterianas anaeróbicas obligadas: muchas en Género Clostridium, como Clostridium botulinum, Clostridium laramie, etc.
Muchas bacterias en el colon se encuentran en este grupo: como las especies de Bifidobacterium.