El efecto secundario principal es la muerte por usarlo sobre la terapia convencional en los casos en que la enfermedad original era potencialmente curable con la terapia convencional. La terapia de Gerson no está probada y es muy probable que sea terapia de charlatanería. La terapia convencional es aceptada porque tiene evidencia de que funciona, pero esto no es así.
Un incidente fue la infección que causó la muerte en unos pocos causada por bacterias en hígados de animales crudos que estaba en el protocolo original. Un posible peligro es la hiponatremia causada por la dieta muy baja en sodio