Los diversos conceptos de especie no se aplican terriblemente bien a las bacterias. Si bien técnicamente no tienen reproducción sexual de la misma manera que lo hacen los organismos eucarióticos, pueden intercambiar el ADN con otras bacterias, incluso aquellas que pertenecen a especies bacterianas bastante distantes. El resultado es que incluso las bacterias generalmente consideradas como pertenecientes a la misma especie pueden tener combinaciones de genes que difieren radicalmente entre sí. Externamente, dos bacterias pueden parecer idénticas y considerarse como la misma especie, pero fisiológica y ecológicamente pueden ser muy diferentes. Y estas diferencias pueden surgir muy rápidamente, a través de la transferencia horizontal de genes (HGT) entre bacterias no relacionadas.
Creo que por “microevolución” te refieres a la mutación puntual: la alteración aleatoria de una única base de ADN. Mientras estos ocurren, y pueden dar lugar a nuevas formas de genes con nuevas propiedades (y sí, debido a tiempos de generación cortos esto genera novedad evolutiva mucho más rápidamente que en organismos multicelulares), las bacterias pueden adquirir genes nuevos y muy diferentes por HGT . En la medida en que se pueda hacer una distinción entre microevolución y macroevolución, la HGT se consideraría un proceso macroevolutivo: puede dar lugar a cambios importantes en la bacteria y puede ocurrir en cuestión de minutos. Pero la distinción entre macroevolución y microevolución realmente no es terriblemente útil: los dos ocurren en un continuo.