¿Hay algún organismo conocido que se haya aliado con las bacterias y se haya beneficiado de él?

Sí. Tú, por ejemplo. Dentro de tu intestino, y el mío también, vives más bacterias que las células de nuestro propio cuerpo. La mayoría de las veces no los notará, ya que viven pacíficamente comiendo parte de sus ingresos alimenticios, produciendo así algunas vitaminas, ayudando con el metabolismo de las sales biliares y alejando los patógenos. Si nuestro intestino fuera estéril, el primer patógeno que lograra entrar (desde la entrada superior o inferior) causaría estragos en nuestro intestino y cuerpo, mucho antes de que nuestro sistema inmune se las arregle para responder correctamente. Los ratones que crecieron desde su nacimiento con alimentos asépticos, tenían inmunodeficiencia severa y atrofia del bazo y los nódulos linfáticos, por lo que las bacterias buenas también son útiles para mantener el sistema inmunológico activo y listo para funcionar. El trasplante de heces de personas sanas a personas poco saludables ha demostrado una gran eficacia contra infecciones gastrointestinales, enfermedades metabólicas y otras.
No somos individuos, somos una colonia y debemos mantener nuestras bacterias saludables si queremos estar saludables 🙂

La relación de los organismos complejos con sus bacterias intestinales se denomina Mutualismo (biología). Una situación en la que ambos organismos se benefician.

En un nivel aún más básico, todos los organismos superiores con el tipo de célula compleja llamada “célula eucariótica” [Eukaryote] (que son muchos organismos microscópicos y todos los organismos multicelulares) representan la integración de algunas bacterias en una célula más compleja como endosimbiontes. Estos incluyen los orgánulos productores de energía llamados mitocondrias, y los orgánulos de fotosíntesis llamados cloroplastos tienen su propio ADN separado del ADN en el núcleo de la célula. Estos orgánulos se replican independientemente y se cree que se derivan de bacterias incorporadas en el Eucaryote ancestral que ahora viven como endosimbiontes, integrados en la célula compleja a pesar de su herencia separada.

Todos ellos. El microbioma intestinal es fundamental para la salud de los vertebrados. Nos proporciona nutrientes. Influye en nuestros niveles de serotonina. Ayuda a evitar infecciones de organismos más dañinos.