Aunque no es una bacteria, Botryococcus Braunii (una microalga) puede producir un hidrocarburo llamado botryococcene que se puede usar para biocombustible
Aplicaciones de biocombustibles de botryococcene
También hay un hongo que puede producir betacaroteno llamado Blakeslea Trispora
Blakeslea trispora
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…
Si no se está limitando solo a los hidrocarburos y está abierto a los productos químicos orgánicos en sí, hay hongos (también no una bacteria) como el aspergillus niger que puede producir ácido cítrico. Hay muchos más ejemplos de producción de químicos orgánicos por varios microbios.
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Ácido cítrico