La respuesta corta es que hay muchos millones, sino miles de millones, de especies de bacterias, y simplemente no hay suficientes características morfológicas disponibles para distinguirlas de manera confiable. Solo hay muchas formas que los organismos unicelulares pueden tomar. Las bacterias que son muy diferentes genéticamente, mucho más disímiles que un ser humano y un hongo, pueden parecer idénticas bajo el microscopio.
Esta es la razón por la cual Archaea no fue reconocida como separada de la bacteria verdadera hasta la década de 1970. He escrito más sobre esto aquí: ¿Por qué las arqueas primero se clasificaron como bacterias?
