Tengo una respuesta bifurcada para ti, porque una respuesta está llena de suposición y la otra es evolutiva.
Por suposición, existe una probabilidad extremadamente baja de que los archas actuales no estén involucradas en los procesos de enfermedad. Es posible que aún no comprendamos las interacciones particulares que pueden llevar a la enfermedad en los seres humanos por arquea, pero cada forma de vida de una sola célula tiene especies dentro de sus grupos que causan enfermedades en nuestra especie. Las probabilidades son que varias especies de arqueas comen de nosotros, o de otras criaturas que nos comen de alguna manera, o que influyen en otros estados de enfermedad, o que aumentan o disminuyen la virulencia o causan cambios genéticos, etc.
Incluso una molécula de ciertas proteínas llamadas priones es capaz de causar terribles enfermedades. Por lo tanto, creo que sí interactúan con nosotros tanto de manera positiva como negativa, lo que yo llamaría enfermedad.
Por evolución, tanto los cloroplastos en las células vegetales como las mitocondrias en las células animales se incluyen arqueas que se han vuelto interdependientes en las células con las que se fusionaron. Más adelante en el tiempo, cada una de las células originales se volvió interdependiente. Por lo tanto, continuaron como una célula “moderna” con mayor eficiencia energética y evolutivamente favorecida.
Entonces, cuando la enfermedad mitocondrial afecta a una persona, es realmente la célula archaeal la responsable de la enfermedad.