Sé que las bacterias y los virus ocupan un lugar destacado como patógenos, pero ¿las arqueas desempeñan un papel en la infección de humanos, animales, hongos y plantas?

Contrariamente a la respuesta de Jon Aronson, las mitocondrias y los cloroplastos NO son descendientes de Archaea ni se relacionan de ninguna manera con ellos. Descienden de alfa-proteobacteria y cianobacteria, respectivamente, ambos linajes de Eubacterial.
Evolución mitocondrial
Evolución de genómica y cloroplastos: ¿qué hicieron las cianobacterias para las plantas?

Muy pocas Archaea se encuentran comúnmente en el micro bioma humano, especialmente metanógenos en la vagina, el intestino y la boca. Hay evidencia circunstancial de su participación en algunos trastornos, incluida la diverticulosis y la enfermedad periodontal. En general, sin embargo, las Archaea no son patógenos significativos.
Papel de las arqueas en las enfermedades humanas

Tengo una respuesta bifurcada para ti, porque una respuesta está llena de suposición y la otra es evolutiva.

Por suposición, existe una probabilidad extremadamente baja de que los archas actuales no estén involucradas en los procesos de enfermedad. Es posible que aún no comprendamos las interacciones particulares que pueden llevar a la enfermedad en los seres humanos por arquea, pero cada forma de vida de una sola célula tiene especies dentro de sus grupos que causan enfermedades en nuestra especie. Las probabilidades son que varias especies de arqueas comen de nosotros, o de otras criaturas que nos comen de alguna manera, o que influyen en otros estados de enfermedad, o que aumentan o disminuyen la virulencia o causan cambios genéticos, etc.

Incluso una molécula de ciertas proteínas llamadas priones es capaz de causar terribles enfermedades. Por lo tanto, creo que sí interactúan con nosotros tanto de manera positiva como negativa, lo que yo llamaría enfermedad.

Por evolución, tanto los cloroplastos en las células vegetales como las mitocondrias en las células animales se incluyen arqueas que se han vuelto interdependientes en las células con las que se fusionaron. Más adelante en el tiempo, cada una de las células originales se volvió interdependiente. Por lo tanto, continuaron como una célula “moderna” con mayor eficiencia energética y evolutivamente favorecida.

Entonces, cuando la enfermedad mitocondrial afecta a una persona, es realmente la célula archaeal la responsable de la enfermedad.

No hay ejemplos claros de arqueas patógenas. Sobreviven en ambientes extremos. Sin embargo, hay algunas arqueas comensales conocidas en el intestino humano que ayudan en la digestión; ellos son metanógenos

Solía ​​ser que las arqueas se clasificaban como bacterias, pero eso está desactualizado. Siguen siendo microorganismos unicelulares, pero parecen existir en comunidad que ser patógenos para los humanos.

Archea no era conocida por la ciencia hasta hace relativamente poco tiempo, y no son comunes en el tipo de entornos cotidianos con los que probablemente estés familiarizado. Por lo general, se encuentran en lugares como respiraderos hidrotermales y otros lugares remotos y hostiles. Lo más probable es que los hayamos encontrado mucho antes de lo que lo hicimos si fueran patógenos humanos. Los que conocemos normalmente no pueden vivir en condiciones en las que podamos vivir, por lo que no esperaría que sobrevivan en un ser humano si se los presentara de alguna manera.