¿Todos tienen una comunidad de bacterias intestinales totalmente genéticamente distinta o las especies simbióticas de bacterias tienden a cumplir las mismas funciones dentro de todos nosotros?

La respuesta está en el medio de los dos extremos que ofreces. Por ejemplo, aquí hay ciertas especies (E. coli como ejemplo) que probablemente habitan en todos los humanos. Sin embargo, hay miles de cepas de E. coli. No todos se encontrarán en todos los humanos.

El Proyecto del Microbioma Humano ha realizado una investigación fantástica sobre los microbios que viven en y en cada uno de nosotros. La estimación actual es que hay 10 células microbianas para cada célula humana en cada uno de nosotros. Esta población de microbios varía según la edad, la dieta, el estado de salud, la ubicación del cuerpo y muchos otros factores. Hay simbiontes, parásitos, comensales, mutualistas y todo lo demás.