Ambos son patógenos humanos, pero eso es todo.
El Ébola es un virus, mientras que la Muerte Negra fue causada por Yersinia pestis, que es una bacteria. Casi todo en sus ciclos de vida, replicación, patogenicidad, vectores y modo de transmisión es diferente.
A nivel molecular, por supuesto, habrá similitudes, pero eso es cierto para cualquier forma de vida. Hay solo un número limitado de formas en que los organismos pueden producir energía, por ejemplo. O replicar los ácidos nucleicos. Entonces esas rutas moleculares se comparten entre diferentes organismos.
Si tiene algo más específico en mente, quizás deba refinar su pregunta y agregar más detalles.