No, las bacterias no pueden transformarse en hongos o viceversa (las levaduras son hongos).
Existe un cierto núcleo de biología que se comparte entre las bacterias y los hongos; por ejemplo, la vía de la glucólisis para la fermentación de la glucosa es omnipresente a lo largo de la vida. Pero con esto queremos decir que las actividades enzimáticas son comunes, si nos fijamos en las proteínas exactas que catalizan la misma reacción, están claramente relacionadas pero tienen diferentes secuencias de aminoácidos. Esto se repite a través de los genomas para las otras funciones que se comparten entre estos.
PERO además, hay muchas funciones que son únicas para cada grupo. De hecho, los tamaños de sus genomas son bastante diferentes. En general, el rango de tamaños del genoma para las bacterias de vida libre varía de aproximadamente 0.5Mb a 15Mb; la mayoría de los hongos tienen genomas superiores a 20 Mb (aunque algunas levaduras tienen un tamaño inferior a 15 Mb).
De modo que su teoría de la transformación requeriría el cambio consistente y concertado de millones de pares de bases de ADN y la creación de miles de genes completamente funcionales del aire. Simplemente no es remotamente plausible.
¿Hay microorganismos con diferentes morfologías en diferentes condiciones? Sí, pero las bacterias se quedan bacterias y los hongos se quedan hongos.
La biología real es infinitamente fascinante. No pierdas tu tiempo en nada que se presente con una teoría de conspiración vinculada.
