Alcanivorax borkumensis es un organismo que puede descomponer hidrocarburos, por lo que se ha utilizado con bastante éxito en la limpieza de derrames de petróleo. Desafortunadamente, debido a que las bacterias son organismos biológicos, han establecido parámetros donde pueden funcionar mejor, debido a esto, limita su efectividad en la limpieza del petróleo hacia el fondo del océano debido al cambio drástico en la temperatura. Los científicos han estado tratando de cambiar esto a través de la modificación genética, pero los organismos modificados no parecen tan buenos para descomponer el petróleo como la bacteria que ocurre naturalmente.
Hay muchas otras bacterias que se usan para limpiar todo, desde metales pesados hasta desechos radiactivos.
