Las bacterias y los hongos son grupos muy diferentes y filogenéticamente distantes. Las diferencias son numeorus pero las similitudes son las siguientes:
- Tanto los hongos como las bacterias tienen paredes celulares (aunque bastante diferentes en estructura y composición)
- La mayoría de las bacterias y todos los hongos obtienen energía de la respiración aeróbica (la respiración en las bacterias es un poco diferente a la de los eucariotas, pero siempre se necesita oxígeno para oxidar los azúcares, al final se forman agua y dióxido de carbono)
- Ambos grupos poseen membranas celulares compuestas de fosfolípidos (característica para todas las bacterias y eucariotas, no es el caso en Archaea)
- Algunas levaduras y la mayoría de las bacterias se reproducen por fisión binaria
- Ciertas bacterias y ciertos hongos tienen la capacidad de producir antibióticos
- Muchas especies de ambos grupos son patógenos de animales y plantas humanos
- Tanto las bacterias como los hongos son descomponedores importantes de la materia orgánica en los ecosistemas terrestres
- Ambos tienen la capacidad de sobrevivir condiciones ambientales adversas produciendo esporas de paredes gruesas especializadas. Tenga en cuenta que su formación y estructura son diferentes entre esos grupos