Si los seres humanos permanecen exclusivamente en la Tierra y no se convierten en una civilización espacial, sí, las bacterias y otros microorganismos sobrevivirán a la civilización humana, porque pueden seguir viviendo en la Tierra mucho después de que las condiciones en la Tierra se vuelvan inhabitables para la civilización y para los seres humanos (especialmente bacterias que son extremófilas, que pueden continuar viviendo en condiciones adversas).
Si la civilización humana se convierte en una civilización espacial, llevaremos bacterias al espacio, y esta bacteria perdurará mientras perdure la civilización humana (en esta forma cambiada de civilización). Si la civilización espacial humana logra continuar existiendo en varias formas alteradas en la historia del universo, esta civilización descendiente de la civilización humana eventualmente tendrá que dejar de ser biológica, y, si esto sucede, las bacterias pueden extinguirse incluso cuando algunos descendientes de la civilización humana aún existe. La pregunta sigue siendo si este distante descendiente no biológico de la civilización humana es algo que todavía identificaríamos como en algún sentido humano.
Otro escenario podría implicar la transferencia de la civilización humana a alguna otra forma de encarnación (tal vez vida derivada de otra biosfera distinta de la de la Tierra) que involucra una biología que no tiene bacterias, o al menos no bacterias terrestres o incluso cualquier cosa que podamos identificar como un par de bacterias terrestres. Bajo este escenario, alguna forma de civilización humana podría continuar existiendo incluso cuando las bacterias terrestres se extinguieron.