No hay una respuesta convincente a su pregunta, así que solo haré algunas observaciones y especulaciones.
- El bacteriófago de ARN es raro en general. Supongo que equivalen a no más de un dos por ciento de todos los bacteriófagos conocidos. A menos que esta observación sea un artefacto de sesgo de selección, esto sugiere que existe una desventaja sistemática de los genomas codificados por ARN para el bacteriófago.
- Un candidato obvio para una desventaja sistemática sería la estabilidad química del genoma: el ARN es mucho más susceptible a los insultos ambientales que el ADN. Los retrovirus animales generalmente no son muy estables en el medio ambiente; en cambio, dependen de sus anfitriones para transmitirlos a nuevos huéspedes. Los bacteriófagos en realidad no tienen este lujo: necesitan persistir en el medio ambiente si desean tener éxito en la búsqueda de un nuevo huésped.
- Las bacterias no realizan muchas modificaciones y manipulaciones de ARN, y por lo tanto, pueden no proporcionar las funciones de anfitrión necesarias para el ciclo de vida retroviral. Archaea hace mucho más corte y pegado de ARN que Eubacteria. Si existe un retrovirus procariota, apuesto a que es más probable que se encuentre en el dominio anterior que en el segundo.