Probablemente la primera consideración, y la más importante, es el nivel de expresión que desea alcanzar. ¿El gen que desea expresar es tóxico cuando se expresa en niveles altos? ¿Necesitas mucha expresión para ver un fenotipo, purificar tu proteína o por alguna otra razón? ¿Desea considerar la posibilidad de expresar su gen condicionalmente, es decir, bajo el control de un promotor regulable? ¿Desea expresar el gen bajo control de su propio promotor nativo? La respuesta a todas estas preguntas variará según el experimento y qué es exactamente lo que estás tratando de hacer.
Una segunda consideración, y tal vez principalmente incidental, es la facilidad de clonación y conveniencia. Si ya tienes vectores en el laboratorio que contienen promotores aguas arriba de un sitio de clonación múltiple, y esos promotores están bien estudiados y su biología es generalmente comprendida, entonces en la mayoría de los casos, acabas de hacer tu trabajo mucho más fácil. Prefiero hacer un corte y pegar sencillo en un vector pBAD y expresar mi gen bajo un promotor inducible por arabinosa que está muy bien entendido (condiciones de los medios, etc. ya optimizadas) que difamar con un nuevo promotor y violín con clonación complicada.
