Cómo descargar los datos de expresión génica de TCGA

¿Ha buscado en InSilico DB (para científicos biomédicos que interpretan sus propios datos genómicos)? Los datos se importan periódicamente de diversas fuentes, incluidas GEO y TCGA, y se preparan para el análisis (preprocesados ​​y formateados). Si aún no se han importado los datos que está buscando, puede solicitarlos enviando un correo electrónico a [email protected]

Actualmente puede exportar análisis a Gene-E, GenePattern, GenomeSpace, IGV, Ingenuity Applications y R. Si lo prefiere, puede acceder a los datos mediante programación mediante nuestros R-packages de bioconductores:

Bioconductor – inSilicoDb
Bioconductor – inSilicoMerging

Espero que esto ayude,

Alain

Nunca descargué directamente de TCGA, porque hay buenas interfaces que tienen mejores aplicaciones de búsqueda, por ejemplo. Puede encontrar una lista de esas interfaces aquí: BASES DE DATOS
¡Recomiendo el Broad GDAC Firehose! Si me dices qué datos de expresión buscas específicamente, podría ayudarte.