¿En teoria? Hay muchos. La influenza y la viruela ya han sido mencionadas; ellos son los sospechosos más probables.
¿En la práctica? Matar al 30-50% de la población es mucho más difícil de lo que parece, si tenemos en cuenta que tenemos una muy buena comprensión de la transmisión de la enfermedad y que la población no se quedaría de brazos cruzados cuando un gran número de personas comenzara a morir.
La Peste Negra se extendió en una civilización preindustrial cuando la gente todavía pensaba que las enfermedades eran causadas por posesión demoníaca o malos olores. Ahora sabemos mejor, y la mayoría de los países tiene planes para lidiar con pandemias y personas cuyo trabajo es detectar posibles enfermedades devastadoras y responder rápidamente.
Así que una enfermedad que mataría a la mitad de la población humana es, creo, extraordinariamente poco probable, incluso si se pudiera imaginar una enfermedad con precisamente la combinación correcta de virulencia y letalidad. Posiblemente podría hacer incursiones rápidas y matar a mucha gente, incluso a millones de personas si asumimos la combinación correcta de origen y transmisión y suerte, pero en ese punto los grupos de control de enfermedades entrarían en acción en todo el mundo. Y a pesar de lo que puedas ver en las películas de Hollywood, en realidad son muy efectivos.
Un brote de algo así como la viruela es el escenario de pesadilla de organizaciones como el CDC, y lo perforan, lo modelan, lo planifican y se preparan para él. Realmente no veo una enfermedad que tenga la misma letalidad de una enfermedad en el 1300.