Respuesta corta: si están “completamente neutralizados”, entonces no los reconocemos como organismos infecciosos. La mejor manera de identificar tales patógenos sería si hubiera personas con pérdida completa de defensinas o complemento, y si tales personas estuvieran infectadas por organismos que por lo demás no son patógenos. Pero hasta donde yo sé (que no es tan lejos) hay tanta redundancia en ambos sistemas que no hay muchas, si es que hay alguna, personas con defectos completos, y las personas que tienen incluso mutaciones de complemento severas tienen problemas con patógenos conocidos, pero no muestran problemas especiales con agentes por lo demás novedosos.
Las infecciones entre especies serían las más probables que aparezcan, es decir, los patógenos de una especie, que están adaptados para el estilo de vida patógeno en general, y que tienen adaptaciones específicas de especie para bloquear los efectos de (por ejemplo) defensinas bovinas pero no defensinas humanas, para que solo puedan infectar a los humanos con defensinas defectuosas. De nuevo, no conozco estos casos, pero no soy muy experto en ninguno de estos campos.
