La artritis reactiva es una enfermedad autónoma que remite por sí sola en 3-6 meses. Algunos pacientes, alrededor de un tercio, por razones aún desconocidas (factores genéticos más probables), la enfermedad se vuelve crónica (no desaparece incluso después de los seis meses). Tales pacientes de artritis crónica reactiva necesitan tratamiento con medicamentos modificadores de la enfermedad similares a los utilizados en la artritis reumatoide.
Por lo tanto, los pacientes con artritis reactiva de corta duración se tratan solo con dosis adecuadas de medicamentos antiinflamatorios no esteroideos como naproxeno o indometacina junto con inyecciones intraarticulares de esteroides de depósito que aceleran la recuperación.
Por razones que no están claras, los pacientes con artritis reactiva responden mucho mejor a los AINE que los pacientes con artritis reumatoide.