La infección se refiere a la invasión del cuerpo por un organismo extraño. Técnicamente, usted tiene una infección incluso si el organismo es inofensivo pero, en el uso diario, tendemos a utilizarlo solo para referirnos a organismos que causan enfermedades. Las infecciones van desde leves y autolimitantes (resfriados o la mayoría de los casos de intoxicación alimentaria) hasta potencialmente mortales (cólera, tuberculosis). La gravedad de una infección dada puede variar según el paciente: muchas infecciones que son leves en adultos jóvenes sanos pueden ser muy peligrosas para los bebés o las personas mayores. La epidemia de gripe posterior a la Primera Guerra Mundial fue una paradoja, la mayoría de los que murieron eran adultos jóvenes sanos, probablemente porque su sistema inmunitario reaccionó con tanta fuerza e hizo más daño que el virus.
Una alergia es una respuesta exagerada del sistema inmune a un desencadenante inofensivo. Un ejemplo de alergia es la fiebre del heno: para la mayoría de las personas, el sistema inmunológico ignora los granos de polen de las plantas cuando se inhalan. Para una persona con fiebre del heno, los mismos granos estimularán en exceso el sistema inmunitario, lo que provocará la miseria estacional familiar.