La metodología específica que utilizan los CDC y la OMS parece variar según la enfermedad, pero los datos que intentan reunir son los mismos. Para simplificar, limitaré esta discusión a enfermedades infecciosas emergentes con agentes etiológicos conocidos. Además, tomaré el punto de vista de las infecciones virales porque sé más sobre ellas, pero muchos de los mismos principios se aplican a las bacterias / hongos / parásitos.
Vigilancia de enfermedades: una de las características más útiles para comprender la transmisión de una enfermedad infecciosa es conocer la cantidad de personas expuestas. Esto no es trivial; como muchas infecciones virales causarán infecciones subclínicas, muchas personas infectadas no presentarán síntomas y podrían pasar desapercibidas. Para evitar este problema, los investigadores a menudo estimarán la exposición a un virus utilizando la seroprevalencia (formalmente llamada estudio serológico en estudios epidemiológicos). Como el sistema inmunitario humano generalmente formará anticuerpos contra la mayoría de las infecciones que encuentra, independientemente de la gravedad de la enfermedad, se puede cuantificar el número de personas expuestas a un patógeno al cuantificar el número de personas que han formado anticuerpos contra un patógeno específico. Un enfoque similar se puede hacer con otros mamíferos como murciélagos, ratones o camellos; esto podría ayudar a encontrar otros reservorios de infección de mamíferos. Para identificar vectores de artrópodos, las personas recolectan reservas de garrapatas / mosquitos alrededor del brote y seleccionan el ácido nucleico mediante PCR para identificar si el virus de interés está presente.
Evolución del patógeno: si se sabe que un virus se transmite entre humanos, se pueden secuenciar partes del genoma. Se pueden rastrear las mutaciones y se puede identificar la infección original. Esto se ha hecho con la detección del VIH.
