La transmisión de gérmenes suele ser un proceso muy rápido una vez que alcanzan el organismo objetivo (huésped). Una vez que tienen un punto de entrada llegan al torrente sanguíneo o al sistema linfático en unos pocos minutos en el caso de las bacterias, los virus necesitan penetrar las células en el punto de entrada y replicarse antes de que se puedan propagar y pueden tardar de 12 a 48 horas. La parte del cuerpo en la que entran en contacto también es importante, los gérmenes generalmente penetran las capas mucosas más fácilmente que la piel intacta, por lo que los sitios como ojos, nariz, boca, tracto gastrointestinal y genitales se usan más comúnmente como punto de entrada.
Viajar de la fuente infecciosa al host es una cuestión diferente y cambia de diferentes tipos de gérmenes. Los gérmenes aerotransportados se expulsan a través del tracto respiratorio del organismo enfermo y permanecen suspendidos en el aire en pequeñas gotas de líquido hasta que el organismo huésped los inhala, pueden permanecer vivos varias horas en suspensión, después de lo cual son destruidos por desecación o radiación solar. Los gérmenes transmitidos por contacto cercano necesitan las secreciones o fluidos infecciosos para entrar en contacto con el huésped, ya sea por contacto cuerpo a cuerpo o, más comúnmente, por las manos o los objetos. Los gérmenes transmitidos por el agua llegan al agua por contaminación con secreciones, orina o heces de cuerpos de agua, permanecen vivos por varios días hasta que pueden infectar al huésped ya sea por contacto cercano con la piel y la mucosa o por el tracto gastrointestinal después de tragar el agua.
