Dado que la transferencia de gen horizontal es común y generalizada, ¿qué tan válido es el concepto del árbol de la vida? ¿Las bacterias y las arqueas exhiben patrones biogeográficos o son especies ubicuas y el ambiente selecciona?

El árbol de la vida realmente no funciona para las bacterias y arqueas. Piensa en 3 reinos Archaea, Bacteria y el resto. Puede mostrar un árbol de vida para el resto (plantas y animales) pero la escasez de fósiles resulta en la dependencia de los relojes moleculares para observar la evolución de procariotas.

No sabemos si las especies son ubicuas. Los problemas de una búsqueda detallada son grandes.
Por ejemplo, hay muchas más bacterias en el intestino humano promedio que personas en el mundo. Se cree que hay alrededor de 400 especies principales presentes. Se cree que este es un ejemplo de coevolución.
Otros hábitats como aguas termales, respiraderos volcánicos submarinos tienen poblaciones únicas de arqueas.
Los hábitats relacionados con animales y plantas son tardíos, pero otros ambientes no dependen del desarrollo biológico.
Creo que es probable que las bacterias y arqueas hayan evolucionado para ambientes particulares y luego se hayan propagado. Han tenido mucho tiempo.