¿Utilizarías la secuenciación 454 o la secuenciación de Illumina para secuenciar mutaciones en genes codificadores de proteínas en una población heterogénea de células cancerosas?

Si tiene una población heterogénea de celdas, quiere una cobertura bastante alta: un mínimo de 100X, pero más probable 1000X o incluso tan alto como 5000X. Esto significa que un secuenciador de Illumina (probablemente un HiSeq o tal vez un NextSeq) va a ser su mejor opción. De hecho, ya no hay aplicaciones importantes donde 454 es la mejor opción (a partir de octubre de 2015). 454 solía tener una ventaja significativa en términos de la duración de la lectura, pero esa plataforma se ha estancado durante varios años, mientras que Illumina ha hecho mejoras constantes, reduciendo la brecha de longitud de lectura sustancialmente. Para colmo, Roche está abandonando la plataforma 454 en 2016, por lo que es una opción muy pobre para cualquier proyecto nuevo.