El método estándar utilizado para clasificar y posteriormente identificar bacterias está utilizando la secuencia de ADN ribosómico 16S.
La secuencia 16S es útil para la clasificación porque es una parte muy conservada del genoma que no puede transferirse horizontalmente.
Por lo general, un investigador extraerá el ADN de una bacteria, amplificará el 16S utilizando cebadores de PCR y lo secuenciará. Luego se consulta la secuencia contra bases de datos procariotas como Genbank o Silva de NCBI usando software como BLAST. (Herramienta básica de búsqueda de alineación local)