El análisis de redes biológicas es un tema candente, aprecio tu trabajo en esta área, de acuerdo con mis estudios previos en esta área, trabajé con el algoritmo MCode de (Bader y Hogue (2003)), hay un complemento para ese algoritmo que puedes trabajar con Cytoscape Una plataforma de código abierto para análisis y visualización de redes complejas,
Este algoritmo funciona mediante la búsqueda de Módulos activos funcionales representados por componentes altamente conectados que componen Subclústeres activos en una red determinada, porque la importancia de un gen en una red se calcula en función de su centralidad y la cantidad de conexiones que realiza en una red dada , también hay un complemento interesante que he usado que superpone los datos mutacionales en la red visualizada y recalcula la probabilidad de conectividad entre genes / proteínas en función del efecto de las mutaciones, porque algunas mutaciones como usted saben pueden afectar la probabilidad de la conectividad con otros nodos en la red y otras mutaciones son silenciosas, no afectan la conectividad, puede encontrar este complemento en la sección de aplicaciones del sitio web de Cytoscape.
Espero que encuentres esto útil.
