tamaño
Archaebacteria: la arqueobacteria individual tiene un diámetro de 0.1-15 μm.
Eubacteria: la eubacteria individual tiene 0.5-5 μm de diámetro.
Forma
Archaebacteria: Las arquebacterias son esferas, varillas, placas, espirales, planas o de forma cuadrada.
Eubacteria: Las eubacterias son cocos, bacilos, vibriones, varillas, filamentos o espiroquetas en forma.
Complejidad
Archaebacteria: las arqueobacterias son simples en su organización.
Eubacteria: las eubacterias son más complejas que las arqueobacterias.
Habitat
Archaebacteria: las arqueobacterias se encuentran en ambientes extremos.
Eubacteria: Eubacteria se encuentran en todas partes en la tierra.
Pared celular
Archaebacteria: La pared celular está compuesta de pseudo peptidoglicanos.
Eubacteria: la pared celular está compuesta de peptidoglicanos con ácido múmico.
Lípidos de membrana
Archaebacteria: Los lípidos de membrana de las arqueobacterias son cadenas alifáticas, ramificadas y con enlaces éter, que contienen fosfato de D-glicerol.
Eubacteria: Los lípidos de membrana de las eubacterias son cadenas lineales de ácidos grasos unidas a ésteres, que contienen fosfatos de L-glicerol.