¿Qué pruebas in vitro se pueden hacer para ver si una determinada cepa bacteriana es patógena o no?

A menudo se hacen: hay pruebas rápidas disponibles para la presencia de genes de virulencia conocidos en aislamientos ambientales / clínicos de E. coli (toxina Shiga, T3SS, toxina lábil al calor, etc.). Estas pruebas a menudo se basan en PCR. También puede buscar antígenos que se asocian típicamente con aislados virulentos (O157 u O55), pero estos pueden darle una tasa bastante alta de falsos positivos. Por supuesto, si hay algún brote nuevo, estas pruebas tenderán a pasarlo por alto. Esto sucedió en el brote O104: H4 en 2011. Con la capacidad de secuenciar genomas rápidamente, nos estamos acercando al monitoreo genómico en tiempo real de aislamientos ambientales.
2011 Alemania E. coli O104: brote H4