¿Hay alguna clase de bacteria que sea inofensiva incluso con sus mutaciones a través de las edades?

No hay una respuesta precisa a su pregunta ya que la definición de una clase bacteriana es algo arbitraria y está sujeta a revisión. Pero déjame ponerlo de esta manera: las bacterias que causan enfermedades son extremadamente raras.

Alrededor de 50 especies bacterianas representan el 95% de las enfermedades bacterianas humanas. El número total de patógenos humanos conocidos no es más que un par de cientos en el mejor de los casos. Por el contrario, hay miles de millones (quizás trillones) de especies bacterianas en el planeta, particularmente si incluimos las Archaea junto con las verdaderas bacterias.

Incluso si ampliamos la definición de una especie bacteriana dañina a una que infecta a otros animales, plantas, protozoos, algas, etc., la proporción de especies dañinas a benignas probablemente sea de entre uno en mil y uno en un millón.

La patogenicidad es un nicho ecológico muy estrecho y exigente. No solo debe un patógeno evolucionar los medios para reconocer e invadir a su huésped, sino que debe luchar constantemente contra las contramedidas del huésped en una carrera armamentista de la Reina Roja que nunca termina. Hay muchas otras maneras para que un error se gane la vida.

Bacteria y Archaea evolucionaron y crecieron durante unos 3 mil millones de años antes de la aparición de organismos multicelulares, y se llevaron muy bien sin nosotros. Ellos son la forma de vida dominante en la tierra. Apenas se darán cuenta cuando nos hayamos ido.

Muchos, hay muchos que son beneficiosos para el ser humano y, en algunos casos, esenciales. Te sugiero que leas sobre el microbioma humano.
No solo bacterias sino también arqueas, levaduras y hongos.
http://en.m.wikipedia.org/wiki/H
http://www.hmpdacc.org/