Algunos problemas predictivos / computacionales que actualmente parecen importantes para la inmunoterapia del cáncer y que no se han resuelto suficientemente:
- Predicción algorítmica de la respuesta al bloqueo del punto de control (base genética para la respuesta clínica al bloqueo de CTLA-4 en el melanoma – NEJM)
- Predicción de unión MHC clase II: muy importante para la respuesta de células T auxiliares y probablemente haya margen para mejorar sobre NetMHCII (servidor NetMHCII 2.2)
- Predicción de epítopos de células T: incluso si un péptido se une a una molécula de MHC, no se garantiza que se “procese” antes de la unión a MHC ni que desencadene una respuesta de células T corriente abajo. Ha habido algunos esfuerzos para hacer predicciones aquí, pero ninguno de ellos ha sido muy convincente hasta ahora.
- Elegir la función de similitud de cadena correcta para predecir la reactividad cruzada entre epítopos de células T. Hacer esto mal ya ha tenido resultados fatales (identificación de un péptido presentado por HLA-A1 derivado de titina como objetivo de reactividad cruzada para células T dirigidas dirigidas por MAGE A3)
