Las regiones de ADNr 16S pueden usarse para detectar diversidad bacteriana y de arqueas . Es ampliamente utilizado y OK! Sin embargo, el análisis de regiones de rDNA 16S tiene limitaciones y conduce a dificultades para discernir especies de archaeas estrechamente relacionadas.
Para aumentar la resolución del análisis, los genes funcionales pueden usarse en estudios filogenéticos. Los genes codifican importantes enzimas de las rutas metabólicas características de los microorganismos interesados. Como dsrAB para organismos que tienen una reducción de sulfato distintiva o mcrA para organismos basados en metanogénesis.
