La forma más común de hacer esto es teñir las bacterias con algo de fluorescencia (DAPI) o tinte regular (azul del Nilo) y tal vez manchar su matriz de biopelícula también, y usar un microscopio confocal .
Este tipo de microscopio puede tomar imágenes en diferentes planos focales y luego apilar cada imagen construyendo una representación tridimensional de ese volumen que se imaginó.
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