La alergenicidad de un OMG es la misma que la del organismo no modificado, a menos que se modifique específicamente para afectar la alergenicidad (es posible, por ejemplo, crear un maní al que le falta la sección de la proteína de almacenamiento asociada con la alergia al maní para producir maní sin alergia).
Es muy sencillo identificar alérgenos potenciales y probarlos, por lo que una modificación genética se diseña primero para no introducir las estructuras de proteínas asociadas con la respuesta alérgica, luego, después de la producción, se prueban su alergenicidad antes de que se vendan (para verificar) . SIN EMBARGO, los productores de productos OMG generalmente no eliminan los alérgenos conocidos que ya están presentes de forma natural. Solo se preocupan por la modificación. Entonces el organismo tiene el mismo riesgo en forma de OGM y no OGM.
Además, muchas plantas producen productos químicos tóxicos, algunos bastante peligrosos para los humanos (como el psoraleno en el apio o el procianuro en los frijoles de Lima). No hay un impulso para eliminar las fitotoxinas de los cultivos alimenticios a través de la ingeniería genética en este momento, por lo que esos alimentos siguen siendo muy peligrosos si no se manejan y se prueban adecuadamente.
