Sospecho que estás hablando de anaerobios obligados, que encuentran que el oxígeno es bastante tóxico. La respuesta es obvia, ¿no? Aquí hay un método y fórmula en uso por más de 30 años:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…
Tenga en cuenta que una buena fracción de especies bacterianas es difícil o imposible de cultivar en el laboratorio.