¿Qué se necesitaría para cultivar bacterias que no proliferan fuera de su hábitat natural?

Sospecho que estás hablando de anaerobios obligados, que encuentran que el oxígeno es bastante tóxico. La respuesta es obvia, ¿no? Aquí hay un método y fórmula en uso por más de 30 años:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…

Tenga en cuenta que una buena fracción de especies bacterianas es difícil o imposible de cultivar en el laboratorio.

La mayoría de las bacterias intestinales, como la mayoría de las bacterias en general, no son cultivables. El número es probablemente menos del uno por ciento. Muchas bacterias son auxótrofas y parecen requerir factores de crecimiento que desconocemos o que no tienen un requisito para crecer en consorcios. Para las bacterias que podemos cultivar, necesitaríamos medios de crecimiento apropiados y una cámara anaeróbica y una incubadora anaeróbica para la mayoría de las bacterias intestinales ya que no pueden tolerar los niveles atmosféricos de oxígeno.

El negocio de la vida para adaptarse a su entorno y las células individuales son muy buenos en eso. Supongo que podrías inventar una célula que esté allí y sobreviva, pero que se pueda adaptar extrayendo su núcleo o algo, pero parece que no sería útil.