Está bastante claro que el Eucarya no evolucionó de Bacteria. Eucarya y Archaea comparten homologías significativas en todos sus sistemas de información críticos: la replicación del ADN, la transcripción del ARN y la síntesis de proteínas. Estos sistemas de información son los componentes más críticos y menos modificables de la vida celular, y se consideran la mejor guía para mapear relaciones filogenéticas profundas.
Orígenes de eucariotas: ¿Quiénes son nuestros parientes más cercanos?
Hay dos modelos de la relación Eucarya / Archaea: que evolucionaron en paralelo desde un ancestro común, o que los Eucarya surgieron de las Archaea.
Los análisis filogenéticos de los sistemas informativos tienden a favorecer la última hipótesis.
Una señal filogenómica congruente coloca eucariotas dentro de las Archaea
Sin embargo, una dificultad importante de esta tesis es que las membranas celulares de Eucarya se parecen mucho más a las membranas de las bacterias que las de las Archaea. Esto es un gran problema: las membranas celulares son lo que separa a las células vivas del entorno no viviente, y su integridad es absolutamente esencial para la vida. Para que la hipótesis de Archaeal-host sea cierta, Eucarya tendría que evolucionar de tener una membrana de tipo Archaeal a una membrana de tipo Bacterial. En su cara, esto es altamente inverosímil.
Debido a la transferencia lateral de genes (LGT), cada dominio tiene ejemplos de genes heredados de cada uno de los otros dos dominios. Algunas de estas transferencias son muy antiguas; no hay una línea pura de descenso de ningún dominio independiente de los demás. En algún momento, puede ser simplemente imposible señalar una línea como ancestral de otra.
http://www.nature.com/nrmicro/jo…

El enraizamiento del Árbol de la Vida y las relaciones de los principales linajes son controvertidos. La monofilia de Archaea es incierta, y la evidencia reciente de antiguas transferencias laterales de genes indica que se necesita un modelo altamente complejo para representar adecuadamente las relaciones filogenéticas entre los linajes principales de la vida. Esperamos brindar una discusión exhaustiva de estos temas en esta página pronto. Por el momento, consulte los documentos que figuran en la sección de Referencias . 
