Comprender las poblaciones bacterianas en el suelo es muy importante para cualquier ecosistema. Una de las formas más obvias en que los microorganismos en el suelo pueden ayudar a las plantas es mediante la degradación de materia muerta o de desecho. Las plantas y los animales generan una gran cantidad de materia muerta o de desecho como hojas caídas, ramitas, animales muertos y heces de animales. Al descomponer estas cosas, las bacterias generan una tierra fértil que recicla los nutrientes esenciales. También hay ciertas bacterias que llevan a cabo la fijación de nitrógeno, por ejemplo, cianobacterias. La fijación del nitrógeno por bacterias es cuando las bacterias convierten el nitrógeno atmosférico en amoníaco. Al hacer esto, las bacterias aumentan el contenido de nitrógeno del suelo, permitiendo que las plantas crezcan en un ambiente nutritivo. Algunas de estas bacterias fijadoras de nitrógeno también pueden vivir en los nódulos de las raíces de las plantas como simbiontes. 
(Diagrama del Ciclo del Nitrógeno – Online Biology Dictionary)
Sin embargo, hay algunas bacterias y virus que pueden dañar las plantas. Al igual que los humanos y otros animales se infectan, también lo hacen las plantas. Después de una infección, una planta puede marchitarse y morir y también infectar a otras plantas si el microorganismo es contagioso. 
(Nichos subexplorados en la investigación sobre bacterias patógenas de plantas)
Si se perturba el equilibrio poblacional de microorganismos en suelos cultivables o ecológicos, las plantas y los cultivos no crecerán bien. Por lo tanto, es importante conocer el tipo de organismos presentes en el suelo para determinar el beneficio o daño que representan para las plantas.
Un excelente sitio web sobre Micorrizas (y la fuente de este gráfico)