¿No cacas? Los intestinos humanos no son realmente islas. Incluso en países desarrollados con servicios de saneamiento, todavía se encuentra materia fecal en todo tipo de lugares difíciles, y si los tocas y luego comes algo, pueden quedar pequeños rastros en tu intestino. Además, los alimentos como el yogur contienen cultivos vivos de microbios, que pueden afectar su microbioma intestinal.
Los microbios intestinales pueden cambiar con el tiempo en un individuo dependiendo de lo que come, si toma medicamentos, en qué condiciones vive y con la edad. Cada vez hay más pruebas de que el uso de antibióticos ha cambiado nuestro microbioma intestinal, con algunos efectos perjudiciales (el más comúnmente mencionado es una mayor incidencia de alergias / asma).
No soy un experto, pero creo que la formación de nuevas especies de microbios intestinales es similar a otros microbios que se encuentran en el medio ambiente.