¿Cuál es una buena estimación del porcentaje de similitud de secuencia entre el genoma tumoral y el genoma normal emparejado (de la misma persona)?

La respuesta breve es: realmente depende del tumor y su vía de carcinogénesis. Los tumores deficientes en reparación de desajustes, por ejemplo, también se denominan tumores “hipermutados”. Su sistema de reparación de ADN disfuncional permite un número increíblemente mayor de errores durante la replicación del ADN para pasar “desapercibido”, y así ser heredado por la célula hija en cada ronda de división. Y así sucesivamente, y así sucesivamente … para cada ronda. Un ejemplo de tumores hipermutados son cánceres colorrectales inestables a microsatélites (MSI-H CRCs). Estos tienen una similitud de secuencia mucho más baja que el tejido compatible normal que sus contrapartes estables a los microsatélites.

editar: leí la pregunta completa ahora, me disculpo por dar la respuesta obvia que no estabas buscando. Sin embargo, puedo dar más información sobre lo que escribí antes: la siguiente imagen está tomada de un artículo de Nature, escrito por el consorcio TCGA (the cancer genome atlas).

http://www.nature.com/nature/jou…

De los 224 tumores colorrectales y el apareamiento normal que analizaron, el 16% se clasificaron como hipermutados. De la gráfica se puede ver que la tasa más alta de mutaciones / megabase (primera muestra, la más a la izquierda en el gráfico) fue, digamos, alrededor de 500 (alrededor de 400 no silenciosas más alrededor de 100 mutaciones silenciosas). Eso significa 500 mutaciones cada 1000000 bases, o 0,0005%. En este caso particular, entonces, la similitud de secuencia entre el tumor y el tejido normal emparejado es 99.9995%. Si observa el extremo derecho del gráfico, los tumores que tuvieron la menor tasa de mutación ni siquiera alcanzaron 1 mutación / megabase (más de 99.999999% de similitud de secuencia).

Varía mucho entre los tipos de tumores (exposición a mutágenos, inestabilidad genética, etc.).

Mire la primera figura en este documento (Firmas de procesos mutacionales en cáncer humano). Tenga en cuenta que la escala Y es logarítmica, por lo que las diferencias son enormes. Creo que responde tu pregunta. Para darle un número específico, unos cientos de mutaciones sobre el exoma (la parte codificante del genoma, aproximadamente 50 Mb) son un número muy común.

En términos generales, las alteraciones genéticas solo aumentan, por lo que el mismo tumor solo puede adquirir más mutaciones (y también variantes estructurales, es decir, rupturas de ADN) con el tiempo. El mismo tumor tiene más mutaciones al final que al principio, aunque la diferencia a menudo no es sorprendente. De hecho, cuando un cáncer es clínicamente detectable, ya ha adquirido muchas (¿la mayoría?) De sus mutaciones. Algunos artículos han analizado la evolución del genoma del tumor a lo largo del tiempo (y etapa), pero esto es técnicamente complicado por el hecho de que las biopsias repetidas son invasivas, costosas y potencialmente dañinas para el paciente.

Los tumores son casi idénticos a los tejidos normales. Los estudios de secuenciación de tumores generalmente encuentran entre 0.1 a 10 mutaciones por megabase (= 0.00001% – 0.001%) en las regiones codificadoras de proteínas, puede ser un poco más alto si observas el genoma completo. Como han mencionado otros carteles, existe un rango de aproximadamente 1 a 2 órdenes de magnitud entre tumores individuales de un tipo dado, y la mayoría de los tipos de tumores tienen un rango característico: los tumores de piel y pulmón tienen mucha exposición ambiental y tasas tan altas de mutación, mientras que los tumores de mama tienen una tasa baja de mutación puntual (pero generalmente una tasa alta de rupturas cromosómicas y cambios en el número de copias).

De la parte superior de mi cabeza, 99.9999999% partido. El genoma humano tiene alrededor de 3 mil millones de pares de bases. Es poco probable que más de un puñado no coincidan. Podría ser solo uno.