Probablemente te refieres a la digestión anaeróbica. La descomposición se produce en cuatro etapas: hidrólisis, acidogénesis, acetogénesis y metanogénesis.
Al principio, las moléculas orgánicas complejas se rompen en su forma simple por medio de hidrólisis (por ejemplo, proteínas para péptidos, polisacáridos para monosacáridos). A continuación, esas moléculas simples serán utilizadas por las bacterias (para el crecimiento, la vida, etc.), dejando atrás varios ácidos orgánicos, alcoholes, hidrógeno y dióxido de carbono, de ahí el nombre de acidogénesis. Otra bacteria en las aguas residuales luego consume los ácidos orgánicos y el alcohol, y excreta hidrógeno, dióxido de carbono y ácido acético (acetogénesis). Finalmente, las bacterias metanogénicas recogerán dióxido de carbono y ácido acético, convirtiéndolos en metano.
Si tu pregunta es acerca de cómo ocurren esos procesos, las bacterias usan muchos tipos de enzimas. Algunas enzimas se liberan (enzimas extracelulares), algunas son intracelulares. Para extracelular, el proceso se produjo fuera de las células. Esto generalmente ocurre durante la hidrólisis porque las moléculas complejas son demasiado grandes para ser absorbidas por las células. Para el proceso intracelular, es posible que desee comprobar “glucólisis” o “respiración celular” para obtener alguna información. Espero que esto ayude