Debido a que son unicelulares y carecen de un núcleo u otros compartimentos internos y no había una mejor definición disponible.
Hasta la década de 1970, la clasificación bacteriana era un desastre profano. El problema es simplemente que los tipos de microorganismos superan con creces el número de características fácilmente observables que se pueden utilizar para clasificarlos. Linneo fue el primero en reconocer el problema: simplemente levantó las manos y concentró todos los microorganismos en el phylum Chaos. Dos siglos de mejores microscopios, manchas diferenciales y numerosas pruebas bioquímicas no resolvieron el problema, sino que revelaron su alcance. En la década de 1960, muchos microbiólogos prominentes, como Roger Stanier, declararon que el problema de la clasificación bacteriana era inútil. No había ni siquiera una definición satisfactoria de bacterias: su identificación con procariotas significaba que todo un dominio de la vida se definía por la falta de una característica (un núcleo), en lugar de caracteres positivos.
Carl Woese ofreció una salida de este pantano con su sugerencia en 1972 de que las bacterias podrían clasificarse según las secuencias de ARN ribosómico. Aunque el interés de Woese en los ribosomas se originó con su investigación sobre la naturaleza y los orígenes del código genético, se dio cuenta de que las secuencias primarias de ARN ribosómico también podrían usarse para determinar la relación entre organismos muy dispares: los ribosomas son absolutamente esenciales para la función celular (sintetizan proteínas), realizan la misma función en cada célula, cambian muy lentamente y, por lo tanto, se pueden comparar directamente en vastos espacios evolutivos.
Woese implementó su programa y pronto descubrió que las “bacterias” se clasificaban a sí mismas en dos grupos muy distintos. Una fue la bacteria “normal” que encontramos en suelos, plantas y animales. El otro grupo consistía en “extremófilos”, bacterias que viven en aguas termales y aguas súper saladas y altamente ácidas, y productores de metano. Que haya una división entre las bacterias “templadas” y los extremófilos no fue tan impactante. Pero lo que sorprendió a todos, y lo que muchos biólogos todavía tienen problemas para aceptar, fue que los extremófilos no estaban más relacionados con las bacterias templadas que con los eucariotas (plantas, animales, hongos y protistas). En todo caso, quizás estaban un poco más cerca de los euks. Woese siguió los datos, en lugar de las convenciones, y propuso que los extremófilos constituían un nuevo dominio de la vida. 
Los biólogos tradicionales, dirigidos por Ernst Mayr, argumentaron enérgicamente en contra de esta propuesta, básicamente argumentando que fenotipos (es decir, características) y no genes, es sobre lo que actúa la evolución, y por lo tanto debería tener primacía en la clasificación. Consideró que la presencia o ausencia de un núcleo es la división fundamental en las formas de vida, y que los esquemas de clasificación deberían reflejar esta diferencia.
Woese, un hipster inconformista fumador de marihuana sin respeto por el establishment científico, argumentó que la evolución era la característica definitoria de los seres vivos y que los esquemas de clasificación simplemente tenían que respetar la historia evolutiva si iban a ser algo más que colecciones de sellos.
Debido a que este argumento no se trata de hechos sino de valores, es decir, qué características de un organismo capturan mejor su esencia, el argumento continúa. Pero no se trata de si las Archaea son fundamentalmente diferentes de las bacterias: se trata de si esta diferencia sustituye a la división eucariótica procariótica.
