Lo que quiere hacer es secuenciación ribosómica de 16 s: Entonces y ahora: uso de la secuenciación del gen 16S rDNA para la identificación bacteriana y el descubrimiento de nuevas bacterias en laboratorios de microbiología clínica.
Las secuencias de ADN ribosómico 16s difieren lo suficiente entre muchas especies que pueden servir como un código de barras específico de la especie, pero son lo suficientemente similares entre muchas especies (no todas) que el mismo conjunto de cebadores degenerados las amplificarán.
Utilizará cebadores degenerados para PCR las secuencias 16s de sus microorganismos de interés. A continuación, envíe estos productos de PCR (después del análisis de gel para su verificación) a una instalación de secuenciación de Sanger, siguiendo sus pautas de presentación. Hay comerciales y basados en la Universidad. Algunos pueden darle un descuento o hacerlo gratis; tendrías que preguntarles.
Después de obtener estos resultados de vuelta BLAST el genio NCBI o las bases de datos de nucleótidos para descubrir a qué especie pertenecen las secuencias 16s.
La secuenciación completa del genoma es demasiado costosa para sus propósitos.
Si está buscando cepas patogénicas y no patógenas de la misma especie, puede que tenga que PCR otras porciones de ADN que la secuencia 16s. Esto sería específico de la especie, y algo que debes averiguar.
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Existen enfoques no secuenciales para identificar bacterias. Un microscopio puede ser más económico y más rápido que la secuenciación de 16 s.