¿Quién puede ayudarme a secuenciar genomas de bacterias?

Lo que quiere hacer es secuenciación ribosómica de 16 s: Entonces y ahora: uso de la secuenciación del gen 16S rDNA para la identificación bacteriana y el descubrimiento de nuevas bacterias en laboratorios de microbiología clínica.

Las secuencias de ADN ribosómico 16s difieren lo suficiente entre muchas especies que pueden servir como un código de barras específico de la especie, pero son lo suficientemente similares entre muchas especies (no todas) que el mismo conjunto de cebadores degenerados las amplificarán.

Utilizará cebadores degenerados para PCR las secuencias 16s de sus microorganismos de interés. A continuación, envíe estos productos de PCR (después del análisis de gel para su verificación) a una instalación de secuenciación de Sanger, siguiendo sus pautas de presentación. Hay comerciales y basados ​​en la Universidad. Algunos pueden darle un descuento o hacerlo gratis; tendrías que preguntarles.

Después de obtener estos resultados de vuelta BLAST el genio NCBI o las bases de datos de nucleótidos para descubrir a qué especie pertenecen las secuencias 16s.

La secuenciación completa del genoma es demasiado costosa para sus propósitos.


Si está buscando cepas patogénicas y no patógenas de la misma especie, puede que tenga que PCR otras porciones de ADN que la secuencia 16s. Esto sería específico de la especie, y algo que debes averiguar.


Existen enfoques no secuenciales para identificar bacterias. Un microscopio puede ser más económico y más rápido que la secuenciación de 16 s.

¿Qué habilidades de laboratorio tienes y cuál es tu presupuesto? Si puede hacer un pipeteo básico y tiene ~ $ 1.2K, una compañía llamada Oxford Nanopore le enviará un secuenciador y el kit que necesita (Rapid 1D), ejecutará el ADN a través del secuenciador y luego interpretará los resultados. Los datos tendrán algunos problemas importantes (no puede, por ejemplo, distinguir la secuencia ACCCCCT de ACCCCCCT, que puede ser un gran problema), pero servirán para la identificación bacteriana directa, así como para identificar algunos de los bits que hacen seguro bacterias patógenas

En cuanto a que se le permita enviar a una universidad, debe preguntar qué puede y qué no puede hacer para este proyecto. Mucha ciencia, particularmente en este espacio, se hace diseñando un experimento y luego pagando a alguien más (que tiene habilidades raras, equipos costosos, etc.) para que realice el trabajo experimental real, y luego se analizan los datos. Es una forma perfectamente aceptable de hacer ciencia (el verdadero trabajo intelectual está en los dos extremos), pero es posible que sus asesores aún no se suscriban a esa visión.

Si pueden combinarlo con otro proyecto, el laboratorio universitario adecuado podría ejecutar sus genomas bacterianos por alrededor de $ 150 cada uno.

El PCR 16S que alguien más sugirió probablemente te acercará entre $ 10- $ 20 para cebadores de oligonucleótidos y $ 1- $ 20 para la secuenciación de Sanger (por muestra), solo para tener alguna base para la comparación de costos.