El proceso de subcultivo implica la transferencia de microbios de un contenedor de crecimiento a otro, proporcionando a los microbios un nuevo suministro de nutrientes en un medio sólido o líquido. El subcultivo permite al analista cambiar los parámetros del hábitat de un microbio, como su temperatura y entorno físico, para obtener información utilizada en la identificación de especies. Comprender dónde vive o muere una cultura microbiana ayuda a aislar su cepa. En algunos casos, se puede identificar un cultivo microbiano en función del tiempo necesario para que aparezca un nuevo crecimiento después de la transferencia del subcultivo.
Las placas de Petri con agar, una sustancia gelatinosa hecha de algas marinas, se usan como un ambiente sólido para cultivar microorganismos. Cuando se necesita un ambiente líquido, se usa un caldo de nutrientes artificiales. Las culturas con microorganismos mixtos que se cultivan en un caldo deben ser subcultivadas en un medio sólido para aislar las colonias para una identificación precisa. Una vez en la superficie del agar, cada colonia microbiana representa una sola especie de microorganismo, que se origina de la multiplicación de una sola célula. Esta colonia definida y aislada se llama cultura pura y es un punto de partida esencial en la investigación microbiológica.