Aunque tanto las bacterias como los protistas se encuentran generalmente como organismos unicelulares, difieren en casi todos los demás aspectos de sus respectivas biologías.
Los protistas, como los humanos, son miembros del dominio Eucarya, organismos cuyas células tienen compartimientos internos, un citoesqueleto y múltiples ARN polimerasas. Las células eucariotas son típicamente de 10-100 micras (millonésimas de un metro) de tamaño.
Las bacterias vienen en dos sabores, las Eubacteria y las Archaea, cada una de las cuales es tan diferente de las otras como lo son de Eucarya. Las células bacterianas son típicamente de 0,5-5 micras de diámetro.
La forma más sencilla de distinguirlos es por tamaño y por la presencia o ausencia de un núcleo: los protistas tienen una (o más), las bacterias no. La forma más precisa de distinguirlos es determinar sus secuencias genéticas, en particular las secuencias del ARN ribosómico, que es la forma más confiable de clasificar organismos.
