¿Hay alguna diferencia entre el tipo de sueños durante los ciclos de sueño y aquellos entre los ciclos de sueño?

Sí, los investigadores han pasado 5 buenos años tratando de encontrar la respuesta a esta pregunta.

El “sueño típico” es el informe REM: una experiencia relativamente lúcida, larga, principalmente visual, que es algo emocional, y generalmente no está conectada con la vida actual del soñador. En comparación con los informes REM, los informes típicos de NREM son más cortos (menos palabras), menos perceptivos y más reflexivos, menos emocionales y, por lo general, relacionados con la vida actual del soñador. Cuando los informes largos NREM y REM se equiparan con la duración (recuento de palabras), estas diferencias cualitativas NREM-REM desaparecen. Los sueños de inicio del sueño son, en un grado notable, similares a los informes REM. En comparación con los sueños REM, los sueños de inicio del sueño no son significativamente diferentes en el conteo de palabras, contenido sexual y agresivo manifiesto, tono hedónico o extravagancia. Son, en cierta medida, discriminables de los sueños REM porque los sueños REM muestran una secuencia temática más larga (unidades más temporales) que los sueños de inicio del sueño.
El contenido de los sueños también varía y los efectos también (ansiedad, sorpresa, enojo, alegría, tristeza, vergüenza)

Para una lectura profunda sugiero:
SLEEP SYLLABUS y artículos completos sobre google scholar más algunas lecturas en Page en nih.gov